李鸿章遇刺后，朝廷降旨慰问，上面派李经方代理全权大臣，然而实际上还是李鸿章掌握实权，一切事情都是他自己说了算。虽然被子弹射伤了，躺在床上不能起来，他仍然用嘴表达着自己对每件事的意见，太医们都为他感到忧虑。三月初七那天，伊藤博文等人把他们拟定的和约底稿拿来。十一日的时候，李鸿章准备回复的文件。他把条约综合其中的大纲，分为四款：第一是朝鲜自主，第二是割地，第三是赔款，第四是通商权利。除了第一个“朝鲜自主”外，剩下的都极力反驳。十五日的时候，又另外拟定了一个和约底稿送了过去，即拟定赔偿兵费一万万两白银，割给他们奉天南四厅县的地方等。日本同样也每一条都驳斥回去。十六日的时候，伊藤博文等人又准备了一个修改后的定约稿寄了过来，跟之前的和约相比要求稍微降低了一些，差不多就是《马关条约》的大概内容了。当时李鸿章的伤已经差不多痊愈了，于是又去春帆楼和日本的全权大臣当面协商，他反复和对方磋磨，但是日本丝毫不肯让步，最后只能声明如果能够在三年内还清赔偿的钱款，那么就都免除利息，至于在威海卫驻扎的军费，要减免一半。现在把《马关条约》的全文列在下面：

大日本帝国大皇帝陛下和大清帝国大皇帝陛下，为了订立和约，使两国还有两国的大臣百姓重新过上和平的生活，共同享有幸福，并且杜绝将来再次产生争端，大日本帝国大皇帝陛下特意下诏大日本帝国全权办理大臣、内阁总理大臣、从二位勋一等伯爵伊藤博文，大日本帝国全权办理大臣、外务大臣、从二位勋一等子爵陆奥宗光，大清帝国大皇帝陛下特意下诏大清帝国钦差头等全权大臣、太子太傅、文华殿大学士、北洋通商大臣、直隶总督、一等肃毅伯爵李鸿章，大清帝国钦差全权大臣、二品顶戴、前出使大臣李经方，为全权大臣，他们在这里校阅所奉的谕旨，认定这些都确实属实，没有掺假，双方会面共同商议签订各项条款，列出如下：

第一款中国承认朝鲜国为独立自主的国家，尊重其领土和主权完整，所以凡是有损其独立自主体制的，比如该国向中国进贡等事情，从此以后全部都要废除。

第二款中国将下列地方的管理权和该地方所有堡垒、军器工厂，以及一切属于公共的物件，永远都让给日本。

一、下列划界以内的奉天省南边地方，从鸭绿江江口，沿着此江一直到达安平河口，又从此河口，划到凤凰城、海城一直到营口结束，折线以南的地方，所有的城市、乡镇都包括在划界线内，这条线到了营口的辽河后，顺着河流到海口为止，彼此以河中心为分界，辽东湾东岸和黄海北岸，在奉天所属的岛屿，也一并都在所割让的地方内。

二、台湾全岛和所有附属的各个岛屿。

三、澎湖列岛，即英国格林尼治东经一百十九度起，至一百二十度为止，北纬二十三度起，到二十四度之间的所有岛屿。